16+
DOI: 10.18413/2658-6533-2020-6-4-0-4

Исследование ассоциаций трёх полиморфных вариантов гена глутатионсинтазы (GSS) c риском развития ишемического инсульта
 

Aннотация

Актуальность: Хорошо известно, что полиморфизмы генов ферментов антиоксидантной системы вносят существенный вклад в предрасположенность к ишемическому инсульту (ИИ) и влияют на тяжесть его проявлений. Цель исследования: Целью настоящего исследования было изучение ассоциации однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) rs13041792, rs1801310 и rs6088660 гена глутатионсинтазы (GSS), который вовлечен в первый этап биосинтеза глутатиона – одного из важнейших низкомолекулярных антиоксидантов. Материалы и методы: Материалом для исследования послужили образцы ДНК 1288 неродственных индивидов славянского происхождения (600 пациентов с диагнозом ИИ и 688 относительно здоровых индивидов). Генотипирование полиморфных вариантов гена GSS осуществлялось с использованием системы генетического анализа MassARRAY-4. Функциональное аннотирование SNPs проводилось с использованием различных онлайн-инструментов и баз данных. Результаты: Установлено, что генотип G/A rs1801310 ассоциировался с повышенным риском развития ишемического инсульта независимо от возраста (OR=1,42 95%CI 1,13-1,77, P=0,002). Анализ ассоциации, стратифицированный по полу, показал, что данный генотип был ассоциирован с повышенным риском развития ИИ исключительно у мужчин (OR=1,55 95%CI 1,15-2,10, P=0,004). Также было установлено, что SNP rs6088660 гена GSS ассоциировался с повышенным риском развития ишемического инсульта у женщин (OR=1,41 95%CI 1,09-2,83, P=0,008). Частый гаплотип rs13041792G-rs1801310G-rs6088660T (OR=1,38 95%CI 1,03-1,83 P=0,029) и редкий гаплотип rs13041792A-rs1801310A-rs6088660C (OR=9,78 95%CI 1,15-83,34 P=0,037) были ассоциированы с повышенным риском развития ишемического инсульта у женщин. Установлено, что генотип G/A SNP rs1801310 проявляет свое влияние на риск развития ИИ у мужчин независимо от фактора риска курения, тогда как у женщин независимо от генотипов SNP rs6088660 курение увеличивало риск развития болезни. Заключение: Биоинформатический анализ показал, что транскрипционная активность гена GSS может зависеть от исследованных аллельных вариантов в связи с тем, что они представляют собой мишени для регуляции экспрессии гена посредством модификации гистонов, а также транскрипционных факторов в различных тканях, в том числе тканях, имеющих патофизиологическое значение для развития ишемического инсульта.


Введение. Сосудистые заболевания мозга вместе с ишемической болезнью сердца и гипертонией занимают лидирующие позиции в структуре заболеваемости, причин смертности и инвалидизации населения экономически развитых стран мира, в том числе и Российской Федерации [1]. Наиболее распространенной формой сосудистых заболеваний мозга является ишемический инсульт (ИИ), развитие которого в большинстве случаев связано с атеросклерозом и атеротромбозом церебральных сосудов с формированием очага инфаркта в головном мозге. Понимание этиологии и молекулярных механизмов развития цереброваскулярной патологии открывает перспективы для разработки более эффективных средств и подходов к профилактике и лечению данного класса социально значимых болезней.

Известно, что ишемический инсульт представляет собой мультифакториальное полигенное заболевание, развитие которого определяется  взаимодействием генетических и средовых факторов. На сегодняшний день установлен широкий спектр генов, полиморфные варианты которых связаны с различными звеньями патогенеза и клинического течения ишемического инсульта [2]. Одним из патогенетически значимых молекулярных механизмов цереброваскулярной патологии являются нарушения в системе редокс-гомеостаза, проводящие к формированию окислительных повреждений стенок церебральных сосудов, способствуя развитию в них атеросклероза и тромбоза, а также играющие ключевую роль в образовании зоны некроза и воспаления в ишемизированном участке головного мозга при ИИ [3, 4, 5]. Окислительный стресс – патологический процесс, развивающийся на фоне дисбаланса в системе редокс-гомеостаза, связанного с избыточной продукцией активных форм кислорода и недостаточным их обезвреживанием вследствие нарушений функционирования ферментов про и антиоксидантного действия [6, 7]. Проведенные генетико-эпидемиологические исследования продемонстрировали, что полиморфные варианты генов ферментов антиоксидантной системы могут вносить ощутимый вклад в детерминацию предрасположенности к ишемическому инсульту [8, 9, 10].

Ведущую роль в системе антиоксидантной защиты клеток от окислительного повреждения играет метаболизм глутатиона. Глутатион представляет собой внутри- и внеклеточный антиоксидант, который в центральной нервной системе играет роль основного медиатора защиты мозга от его окислительного повреждения [11]. В частности, глутатион предотвращает гибель клеток во время ишемизации мозга, уменьшая зону некроза [12, 13]. Высокая внутриклеточная концентрация глутатиона, необходимая для обеспечения оптимальной антиоксидантной защиты тканей мозга обеспечивается функционированием ферментов, катализирующий целый каскада реакций биосинтеза и катаболизма катаболизм глутатиона. Ферментом, осуществляющим первый этап биосинтеза глутатиона, а именно реакции АТФ-зависимого превращения гамма-L-глутамил-L-цистеина в восстановленный глутатион (GSH), является глутатионсинтаза (GSS), ген которого в достаточном количестве экспрессируется в артериях и различных отелах головного мозга (данные порталов BioGPS, http://biogps.org и GTEx https://www.gtexportal.org).

Таким образом, полиморфные варианты гена GSS представляют собой привлекательный объект для генетико-ассоциативных исследований сосудистых заболеваний мозга, в частности ишемического инсульта. В то же самое время, в мире до настоящего времени не проводилось исследований по поиску ассоциаций полиморфных вариантов гена GSS с риском развития ишемического инсульта. 

Цель исследования. Изучение ассоциации трех частых однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) rs13041792, rs1801310 и rs6088660 гена глутатионсинтазы с риском развития ишемического инсульта.

Материалы и методы исследования. Материалом для исследования послужила выборка 1288 неродственных индивидов славянского происхождения – уроженцев Центральной России (преимущественно русских жителей Курской области). Основная группа включала 600 больных с ишемическим инсультом. Диагноз ИИ устанавливался квалифицированными неврологами на основании данных клинического обследования и результатов компьютерной и магнитно-резонансной томографии головного мозга. Контрольная группа включала 688 относительно здоровых добровольцев без клинических проявлений сердечнососудистых и других хронических заболеваний. Сбор клинического и биологического материалов осуществлялся в неврологических отделениях БМУ «Курская областная клиническая больница» и ОБУЗ «Курская городская клиническая больница скорой медицинской помощи» в период с 2007 по 2017 гг. в рамках выполнения генетико-эпидемиологических исследований различных мультифакториальных заболеваний  [14-20]. Все пациенты дали добровольное письменное согласие на участие в исследования. Протокол исследования одобрен региональным этическим комитетом Курского государственного медицинского университета (протокол  №  4  от  14.04.2014). 

Геномную ДНК выделяли стандартным методом фенольно-хлороформной экстракции с последующей преципитации ДНК этанолом. Генотипирование полиморфных вариантов rs13041792, rs1801310 и rs6088660 гена GSS на генетическом анализаторе MassARRAY-4 (Agena Bioscience, США) в НИИ генетической молекулярной эпидемиологии Курского государственного медицинского университета (КГМУ). Праймеры для проведения мультиплексной ПЦР были синтезированы компанией Евроген (г. Москва). Контроль качества генотипирования, выполненного на 5% случайно отобранных образцов ДНК, показал 100% воспроизводимость первичных результатов генотипирования.

Анализ ассоциаций SNPs с риском развития ИИ проводился  методом множественной логистической регрессии при помощи статистического пакета SNPStats [21]. Ассоциации полиморфных вариантов гена GSS с развитием ишемического инсульта оценивались в общих группах пациентов, а также раздельно у мужчин и женщин с коррекцией на возраст пациентов с целью выявления феномена полового диморфизма во взаимосвязи исследуемого гена с развитием болезни.

C целью патофизиологической интерпретации ассоциаций проводили функциональное аннотирование SNPs посредством различных биоинформатических онлайн-инструментов и баз данных. Для выявления т.н. cisQTLs (локусов количественных признаков), ассоциированных с изучаемыми полиморфизмами, использовали базы данных: GTEx portal (https://www.gtexportal.org), eQTLGen (https://www.eqtlgen.org/cis-eqtls.html) и QTLbase (http://mulinlab.tmu.edu.cn/qtlbase/index.html). С целью оценки влияния модификаций гистонов на экспрессию гена GSS и выявления регуляторных участков его промотора использовались онлайн-инструменты функционального аннотирования однонуклеотидных полиморфизмов SNPnexus (https://www.snp-nexus.org/index.html), интегрированного с экспериментальными данными проектов ENCODE (https://www.encodeproject.org), Roadmap Epigenomics (http://www.roadmapepigenomics.org) и Ensembl Regulatory Build (www.ensembl.org).

Результаты и их обсуждение. Частоты генотипов полиморфных вариантов rs13041792 и rs6088660 гена GSS находились в равновесии Харди-Вайнберга в обеих группах пациентов, тогда как распределение частот генотипов rs1801310 показало статистически значимое отклонение от равновесия Харди-Вайнберга в группе больных ИИ (P<0,05). В таблице 1 представлены частоты аллелей и генотипов полиморфных вариантов гена GSS в группах больных ИИ и здоровых индивидов, как в общих группах, так и в группах, стратифицированных по полу.

Как можно увидеть из таблицы 1, частоты минорных аллелей (MAF) полиморфизмов гена GSS у жителей Центральной России были сопоставимы с таковыми в других европеоидных популяциях согласно популяционно-генетическими данным проекта HapMap, представляемым ресурсом Ensembl (http://www.ensembl.org): rs13041792 (MAF=0,20), rs1801310 (MAF=0,43) и rs6088660 (MAF=0,26).

Установлено, что генотип G/A rs1801310 ассоциировался с повышенным риском развития ишемического инсульта независимо от возраста (OR=1,42 95%CI 1,13-1,77, P=0,002). Анализ ассоциации, стратифицированный по полу, показал, что данный генотип был ассоциирован с повышенным риском развития ИИ исключительно у мужчин (OR=1,55 95%CI 1,15-2,10, P=0,004). Также было установлено, что SNP rs6088660 гена GSS ассоциировался с повышенным риском развития ишемического инсульта у женщин (OR=1,41 95%CI 1,09-2,83, P=0,008 log-аддитивная генетическая модель). Данный факт свидетельствует об отчетливом половом диморфизме в ассоциациях полиморфных вариантов гена GSS с развитием ишемического инсульта. Возможным объяснением данного феномена может быть известный факт того, что эстрогены сами способны подавлять экспрессию гена GSS [22].

Полиморфные варианты GSS находились в тесном неравновесии по сцеплению друг с другом: rs13041792 с rs1801310 (D'=0,907, D=-0,068, P<0,01), rs13041792 с rs6088660 (D'=0,999, D=-0,058, P<0,01), rs1801310 с rs6088660 (D'=0,999, D=-0,115, P<0,01). В таблице 2 представлены гаплотипы гена GSS среди больных ИИ и у лиц контрольной группы. Было установлено пять гаплотипов гена GSS с частотой не менее 1%. Статистически значимых различий в частотах гаплотипов между объединенными по полу группами больных ИИ и здоровых не выявлено (P>0,05). Анализ распределения гаплотипов, стратифицированный по полу показал, что у женщин обнаружены различия в частотах гаплотипов между группами ИИ и контроля (P=0,005). Частый гаплотип H2 rs13041792G-rs1801310G-rs6088660T (OR=1,38 95%CI 1,03-1,83 P=0,029) и редкий гаплотип H5 rs13041792A-rs1801310A-rs6088660C (OR=9,78 95%CI 1,15-83,34 P=0,037) были ассоциированы с повышенным риском развития ишемического инсульта у женщин независимо от возраста.

Анализ генно-средовых взаимодействия способен объяснить механизмы, посредством которые полиморфные варианты генов ассоциированы с риском развития мультифакториальных заболеваний [23]. Нами были проанализированы совместные влияния генотипов глутатионсинтазы, полиморфизмы которой ассоциированы с развитием ИИ, и курения (известного фактора риска болезни) на риск развития ишемического инсульта раздельно у мужчин и женщин (таблица 3).

Установлено, что генотип G/A SNP rs1801310 проявляет свое влияние на риск развития ИИ у мужчин независимо от фактора риска курения, тогда как у женщин независимо от генотипов SNP rs6088660 (в наибольшей степени генотипа T/T) курение увеличивало риск развития болезни. Из литературы известнее факт, что компоненты табачного дыма способны подавлять транскрипционную активность гена глутатионсинтазы [24].

Важной задачей исследования было функциональное аннотирование SNPs с использованием биоинформатических инструментов и ресурсов. В таблице 4 представлены сводные данные результатов функционального аннотирования SNPs гена GSS

 

 

Анализ экспериментальных данных геномного и транскриптомного анализа, депонированных в интернет ресурсах GTEx portal, eQTLGen and QTLbase позволил установить, что исследуемые полиморфные варианты гена GSS имеют т.н. eQTLs или локусы, ассоциированные с экспрессией гена в различных видах тканей и типов клеток. В большей степени представляли интерес те виды клеток и тканей, которые могли бы иметь патогенетическую связь с атеросклерозом (артерии, клетки крови), а также клетки центральной нервной системы и отделы головного мозга, наиболее часто подвергающиеся ишемическому повреждению в результате окклюзии церебральных артерий. Так, согласно данным GTEx портала SNP rs13041792 не имел ни одного eQTLs в данных видах тканей, но в то же время обнаружено, что аллель A SNP rs13041792 ассоциирован со снижением экспрессии гена GSS в сердечной мышце (P=0,0002) и крови (P=2,4×10-6, данные базы QTLbase). Аллель A SNP rs1801310 ассоциировался со снижением экспрессии GSS в коре мозга (P=0,0001), мозжечке (P=0,0001) и большеберцовой артерии (P=0,0002). Аллель Т полиморфизма rs6088660 был ассоциирован с увеличением экспрессии гена GSS большеберцовой артерии (P=2,3×10-7, данные GTEx портала) и крови (P=6,0×10-7 данные базы eQTLGen).

Согласно данным проекта ENCODE SNP rs6088660 расположен в области генома, которая вследствие химических модификацией (метилирование, ацетилирование) гистонов (гистоновые маркеры H3K4me2, H3K4me1, H3K4me3, H3K9ac и H3K27ac) способна влиять на экспрессию гена GSS в астроцитах головного мозга. Известно, что модификации гистонов H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3 (метилирование) H3K9ac и H3K27ac (ацетилирование) связаны с увеличением промоторной активности генов [25, 26].

Биоинформатически анализ также позволил установить, что SNP rs6088660 охватывает область промотора гена GSS, активность которого выражена в тканях аорты и астроцитах согласно данным Regulatory Build (Ensembl). В отношении SNP rs6088660 также было предсказано, что наличие аллеля Т сопряжено с формированием участков связывания для комплекса транскрипционных факторов PITX1::HES7 и SRF согласно результатам анализа с помощью биоинформатического инструмента Variant Effect Predictor (Ensembl). Это является дополнительным доказательством того, что аллель T может быть связан с более выраженной, чем аллель С, транскрипционной активностью гена GSS. PITX1 и SRF представляют собой транскрипционные факторы, активирующие транскрипцию различных генов. В то же время транскрипционный фактор HES7 является репрессором, способным подавлять транскрипционную активность генов-мишеней.

Заключение. В ходе настоящего исследования впервые установлено, что полиморфные варианты гена глутатионсинтазы могут представлять собой значимые факторы риска развития ишемического инсульта. Однако выявленные нами ассоциации полиморфных вариантов rs1801310 и rs6088660 с риском развития болезни оказались пол-специфичными: данные SNPs ассоциировались с повышенным риском развития ИИ у мужчин и женщин, соответственно. Причины полового диморфизма могут быть связаны с различными факторами риска болезни у представителей разного пола. Подтверждением данного факта стал находка, демонстрирующая триггерное влияние курения на риск развития ИИ у женщин, являющихся носителями различных генотипов GSS. Не смотря на то, что исследованные полиморфизмы расположены в некодирующим участках гена, они характеризуются регуляторным потенциалом. Транскрипционная активность гена GSS может зависеть от исследованных аллельных вариантов в связи с тем, что они могут быть мишенями для регуляции посредством модификации гистонов, а также транскрипционных факторов, что проявляется изменениями экспрессии гена в различных тканях, в том числе тканях, имеющих патофизиологическое значение для развития ишемического инсульта. Несомненно, для подтверждения выявленных ассоциаций с риском развития ишемического инсульта, а также гипотез о механизмах регуляции генной экспрессии необходимы дальнейшие популяционные и экспериментальные

 

 

Список литературы

  1. Feigin VL, Lawes CM, Bennett DA, et al. Stroke epidemiology: a review of population-based studies of incidence, prevalence, and case-fatality in the late 20th century. The Lancet Neurology. 2003;2(1):43-53. DOI: https://doi.org/10.1016/S1474-4422(03)00266-7
  2. Dichgans M. Genetics of ischaemic stroke. The Lancet Neurology. 2007;6(2):149-161. DOI: https://doi.org/10.1016/S1474-4422(07)70028-5
  3. Allen CL, Bayraktutan U. Oxidative stress and its role in the pathogenesis of ischaemic stroke. International Journal of Stroke. 2009;4(6):461-470. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1747-4949.2009.00387.x
  4. Ciancarelli I, Di Massimo C, De Amicis D, et al. Evidence of redox unbalance in post-acute ischemic stroke patients. Current Neurovascular Research. 2012;9(2):85-90. DOI: https://doi.org/10.2174/156720212800410885
  5. Chehaibi K, Trabelsi I, Mahdouani K, et al. Correlation of Oxidative Stress Parameters and Inflammatory Markers in Ischemic Stroke Patients. Journal of Stroke and Cerebrovascular Diseases. 2016;25(11):2585-2593. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jstrokecerebrovasdis.2016.06.042
  6. Sies H. Oxidative stress: a concept in redox biology and medicine. Redox Biology. 2015;4:180-3. DOI: https://doi.org/10.1016/j.redox.2015.01.002
  7. Kattoor AJ, Pothineni NVK, Palagiri D, et al. Oxidative Stress in Atherosclerosis. Current Atherosclerosis Reports. 2017;19(11):42. DOI: https://doi.org/10.1007/s11883-017-0678-6
  8. Voetsch B, Jin RC, Bierl C, et al. Promoter polymorphisms in the plasma glutathione peroxidase (GPx-3) gene: a novel risk factor for arterial ischemic stroke among young adults and children. Stroke. 2007;38(1):41-49. DOI: https://doi.org/10.1161/01.STR.0000252027.53766.2b
  9. Türkanoğlu A, Can Demirdöğen B, Demirkaya S, et al. Association analysis of GSTT1, GSTM1 genotype polymorphisms and serum total GST activity with ischemic stroke risk. Neurological Sciences. 2010;31(6):727-34. DOI: https://doi.org/10.1007/s10072-010-0330-5
  10. Polonikov A, Vialykh E, Vasil'eva O, et al. Genetic variation in glutathione S-transferase genes and risk of nonfatal cerebral stroke in patients suffering from essential hypertension. Journal of Molecular Neuroscience. 2012;47(3):511-513. DOI: https://doi.org/10.1007/s12031-012-9764-y
  11. Lee BJ, Marchionni L, Andrews CE, et al. Analysis of differential gene expression mediated by clozapine in human postmortem brains. Schizophrenia Research. 2017;185:58-66. DOI: https://doi.org/10.1016/j.schres.2016.12.017
  12. Song J, Park J, Oh Y, et al. Glutathione suppresses cerebral infarct volume and cell death after ischemic injury: involvement of FOXO3 inactivation and Bcl2 expression. Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2015;2015:426069. DOI: https://doi.org/10.1155/2015/426069
  13. Kahl A, Stepanova A, Konrad C, et al. Critical Role of Flavin and Glutathione in Complex I-Mediated Bioenergetic Failure in Brain Ischemia/Reperfusion Injury. Stroke. 2018;49(5):1223-1231. DOI: https://doi.org/10.1161/STROKEAHA.117.019687
  14. Вялых ЕК, Солодилова МА, Бушуева ОЮ, и др. Связь полиморфизма гена каталазы с повышенным риском развития церебрального инсульта у больных гипертонической болезнью. Журнал неврологии и психиатрии им. C.C. Корсакова. 2012;112(8-2):3-7.
  15. Polonikov A, Vialykh E, Vasil'eva O, et al. Genetic variation in glutathione S-transferase genes and risk of nonfatal cerebral stroke in patients suffering from essential hypertension. Journal of Molecular Neuroscience. 2012;47(3):511-3. DOI: https://doi.org/10.1007/s12031-012-9764-y
  16. Полоников АВ, Иванов ВП, Солодилова МА. Промоторный полиморфизм -1293G>C гена CYP2E1 увеличивает риск развития гипертонической болезни у мужчин, злоупотребляющих алкоголем. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2013;155(6):695-698.
  17. Самгина ТА, Бушуева ОЮ, Иванов ВП, и др. Связь промоторного полиморфизма -308G>A гена фактора некроза опухоли с тяжестью течения острого панкреатита у русской популяции жителей Курской области. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2014;9(109):17-20.
  18. Самгина ТА, Бушуева ОЮ, Назаренко ПМ, и др. Cвязь полиморфизма HindIII гена липопротеинлипазы с развитием острого небилиарного панкреатита: пилотное исследование. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2016;161(1):92-95.
  19. Быканова МА, Солодилова МА, Бочарова АВ, и др. Промоторный полиморфизм rs890293 гена эпоксигеназы CYP2J2 ассоциирован с повышенным риском развития гипертонической болезни у женщин. Медицинская генетика. 2017;16(3):37-40.
  20. Самгина ТА, Канищев ЮВ, Григорьев СН, и др. Роль полиморфизма (rs1800566) гена фермента НАД(Ф)Н-хиноноксидоредуктазы 1 в развитии острого панкреатита. Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. 2018;28(1):20-25. DOI: https://doi.org/10.22416/1382-4376-2018-28-1-20-25.
  21. Solé X, Guinó E, Valls J, et al. SNPStats: a web tool for the analysis of association studies. Bioinformatics. 2006;22(15):1928-1929. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl268
  22. Konstantakopoulos N, Montgomery KG, Chamberlain N, et al. Changes in gene expressions elicited by physiological concentrations of genistein on human endometrial cancer cells. Molecular Carcinogenesis. 2006;45(10):752-63. DOI: https://doi.org/10.1002/mc.20187
  23. Hunter DJ. Gene-environment interactions in human diseases. Nature Reviews Genetics. 2005;6(4):287-298. DOI: https://doi.org/10.1038/nrg1578
  24. Anthérieu S, Garat A, Beauval N, et al. Comparison of cellular and transcriptomic effects between electronic cigarette vapor and cigarette smoke in human bronchial epithelial cells. Toxicology in Vitro. 2017;45(3):417-425. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tiv.2016.12.015
  25. Creyghton MP, Cheng AW, Welstead GG, et al. Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2010;107(50):21931-6. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1016071107
  26. Karmodiya K, Krebs AR, Oulad-Abdelghani M, et al. H3K9 and H3K14 acetylation co-occur at many gene regulatory elements, while H3K14ac marks a subset of inactive inducible promoters in mouse embryonic stem cells. BMC Genomics. 2012;13:424. DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-424

Благодарности

Исследование выполнено при финансовой поддержке Российского научного фонда (соглашение № 15‐15‐10010).