DOI: 10.18413/2313-8955-2018-4-2-0-5

ОТБОР ПОЛИМОРФНЫХ ЛОКУСОВ ДЛЯ АНАЛИЗА АССОЦИАЦИЙ ПРИ ГЕНЕТИКО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ

Актуальность. Изучение роли наследственных факторов в формировании многофакторных признаков является актуальным, а применительно к мультифакториальным заболеваниям эти исследования имеют важное значение для медицины. При планировании генетико-эпидемиологических исследований мультифакториальных признаков (заболеваний) важное значение имеет отбор полиморфных локусов для поиска ассоциаций с исследуемым фенотипом (заболеванием). Цель исследования. Провести систематический анализ данных, имеющихся в современной литературе, о подходах к отбору полиморфных локусов при проведении ассоциативных исследований. Материалы и методы. В обзор включены современные данные зарубежных и отечественных статей, найденные в Pubmed по данной теме. Результаты. Согласно современным представлениям при отборе полиморфных локусов генов-кандидатов для изучения ассоциаций с мультифакториальным признаком (заболеванием) следует учитывать следующие критерии: 1) наличие ассоциации с исследуемым признаком по результатам ранее проведенных полногеномных (GWAS) и/или ассоциативных (в том числе репликативных) исследований; 2) наличие ассоциации с фенотипами, имеющими с исследуемым признаком, общие биологические пути; 3) регуляторный потенциал (regSNP); 4) влияние на экспрессию генов (eSNP); 5) связь с несинонимическими заменами (nsSNP); 6)tagger SNP (tagSNP) 7) частота полиморфизма не менее 5% 8) функциональные эффекты (regSNP, eSNP, nsSNP) SNPs, находящихся в неравновесии по сцеплению (r²≥0.8) с отобранными для ассоциативного анализа полиморфизмами. В работе приведена характеристика современных мировых баз данных по функциональной геномике и биоинформатических методов анализа, используемых для in silico анализа регуляторного и eQTL значения SNPs, оценки их блочной структуры (SIFT, PolyPhen-2, HaploReg, rSNPs MAPPER, RegulomeDB, rSNPBase, SNP FuncPred, Blood eQTL browser, GTExportal, HaploView, LD TAG SNP Selection). Заключение. При отборе полиморфных локусов для ассоциативных исследований следует учитывать их ассоциации с исследуемым признаком по данным ранее проведенных исследований, регуляторный потенциал и влияние на экспрессию генов, nsSNP и tagSNP, популяционную частоту не менее 5%, функциональные эффекты сильно сцепленных с ними SNPs.

Ключевые слова: полиморфизм, ассоциации, регуляторный потенциал, eSNP, nsSNP, tagSNP.

Количество просмотров: 3790 (смотреть статистику)

Количество скачиваний: 6535

Полный текст (HTML)Полный текст (PDF)К списку статей

Информация для цитирования:

Пономаренко И.В. Отбор полиморфных локусов для анализа ассоциаций при генетико-эпидемиологических исследованиях // Научный результат. Медицина и фармация. 2018. Т. 4, № 2. С. 40-54. [Ponomarenko IV. Selection of polymorphic loci for association analysis in genetic-epidemiological studies. Research Result. Medicine and Pharmacy. 2018;4(2):40-54 (In Russian)].
DOI: 10.18413/2313-8955-2018-4-2-0-5

Комментарии
Список литературы

Пока никто не оставил комментариев к этой публикации.
Вы можете быть первым.

Выявление новых маркеров предрасположенности к преэклампсии путем анализа регуляторных участков генов, дифференциально экспрессирующихся в плацентарной ткани / В.Н. Сереброва [и др.] // Молекулярная биология. 2016. Т. 50, N 5. С. 870-879.
Генетическое разнообразие и структура неравновесия по сцеплению гена MTHFR в популяциях Северной Евразии / Е.А. Трифонова [и др.] // Acta naturae. 2012. Т.4, N 1(12). С. 55-71.
Исследование молекулярно-генетических маркеров роста человека / А.С. Глотов [и др.] // Экологическая генетика. 2012. Т. X, N 4. С. 77-84.
Полиморфизм генов, контролирующих процессы эластогенеза, и риск развития пролапса тазовых органов у женщин / М.Б. Хаджиева [и др.] // Генетика. 2015. Т. 51, N 10. С. 1191.
Пузырев В.П. Генетические основы коморбидности у человека // Генетика. 2015. Т. 51, N 4. С. 491.
Пузырев В.П., Кучер А.Н. Эволюционно-онтогенетические аспекты патогенетики хронических болезней человека // Генетика. 2011. Т. 47, N 12. С. 1573-1585.
Характеристика транскриптома плацентарной ткани у женщин с физиологической беременностью и преэклампсией / Е.А. Трифонова [и др.] // Acta naturae. 2014. Т.6, N 2(21). С.77-90.
Хусаинова Р.И. Молекулярно-генетические основы метаболических остеопатий: автореф. дис. … д-ра. биол. наук. Уфа, 2015. 48 с.
A comprehensive contribution of genes for aryl hydrocarbon receptor signaling pathway to hypertension susceptibility / A.V. Polonikov [et al.] // Pharmacogenet Genomics. 2017. Vol. 27(2). P. 57-69. DOI: 10.1097/FPC.0000000000000261.
A large-scale candidate-gene association study of age at menarche and age at natural menopause / C. He [et al.] // Hum. Genet. 2010. N 128. P. 515-527.
A method and server for predicting damaging missense mutations / I.A. Adzhubei [et al.] // Nature methods. 2010. Vol. 7(4). P. 248-249. DOI: 10.1038/nmeth0410-248.
Annotation of functional variation in personal genomes using RegulomeDB / A.P. Boyle [et al.] // Genome Research. 2012. Vol. 22(9). P. 1790-1797. PMID: 22955989.
Association of adiposity genetic variants with menarche timing in 92,105 women of European descent / L. Fernandez-Rhodes [et al.] // Am. J. Epidemiol. 2013. N 178. P. 451-460.
Candidate-gene association study of mothers with pre-eclampsia, and their infants, analyzing 775 SNPs in 190 genes / K.A. Goddard [et al.] // Hum. Hered. 2007. Vol. 63(1). P. 1-16.
Evaluation of GWAS-identified genetic variants for age at menarche among Chinese women / R.J. [et al.] // Hum Reprod. 2013. N 4. P. 1135-43.
Fibulin-5 (FBLN5) gene polymorphism is associated with pelvic organ prolapse / M.B. Khadzhieva [et al.] // Maturitas. 2014. Vol. 78(4). P. 287-92. DOI: 10.1016/j.maturitas.2014.05.003. Epub 2014 May 13.
Functional analysis of genetic variation in catechol–o–methyltransferase (COMT): effects on mRNA, protein enzyme activity in postmortem human brain / J. Chen [et al.] // Am J Hum Genet. 2004. N 75. Р. 807-821.
Kumar P., Henikoff S., Ng P.C. Predicting the effects of coding non-synonymous variants on protein function using the SIFT algorithm // Nat Protoc. 2009. Vol. 4(7). P. 1073-81.
Novel Polymorphism in the Promoter of the CYP4A11 Gene Is Associated with Susceptibility to Coronary Artery Disease / S. Sirotina [et al.] // Dis Markers. 2018. N. 2018. P. 5812802. DOI: 10.1155/2018/5812802. eCollection 2018.
On the identification of potential regulatory variants within genome wide association candidate SNP sets / C. Chen [et al.] // BMC Medical Genomics. 2014. N 7. P. 34. DOI: 10.1186/1755-8794-7-34
Parent-of-origin-specific allelic associations among 106 genomic loci for age at menarche / J.R. Perry [et al.] // Nature. 2014. N 514. P. 92-97.
Polymorphism rs3828903 within MICB Is Associated with Susceptibility to Systemic Lupus Erythematosus in a Northern Han Chinese Population / Y. Zhang [et al.] // Journal of Immunology Research. 2016. N 2016. P. 1343760.
Riva A. Large-scale computational identification of regulatory SNPs with rSNP-MAPPER // BMC Genomics. 2012. Vol. 13(4). P. S7.
rSNPBase: a database for curated regulatory SNPs / L. Guo [et al.] // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42(D1). P. D1033-D1039. DOI: 10.1093/nar/gkt1167.
Systematic identification of trans eqtls as putative drivers of known disease associations / H.J. Westra [et al.] // Nat Genet. 2013. N 45. P. 1238-1243.
Tak Y.G., Farnham P.J. Making sense of GWAS: using epigenomics and genome engineering to understand the functional relevance of SNPs in non-coding regions of the human genome // Epigenetics & Chromatin. 2015. N 8. P. 57. DOI: 10.1186/s13072-015-0050-4.
The GTEx Consortium. Genetic effects on gene expression across human tissues // Nature. 2017. N 550. P. 204-213. DOI: 10.1038/nature24277.
Thirty new loci for age at menarche identified by a meta-analysis of genome-wide association studies / C.E. Elks [et al.] // Nat. Genet. 2010. N 42. P. 1077-1085.
Verification of the Chromosome Region 9q21 Association with Pelvic Organ Prolapse Using RegulomeDB Annotations / M.B. Khadzhieva [et al.] // BioMed Research International. 2015. N 2015. P. 837904. DOI: 10.1155/2015/837904.
Ward L.D., Kellis M. HaploReg v4: systematic mining of putative causal variants, cell types, regulators and target genes for human complex traits and disease // Nucleic Acids Res. 2016. N 44. P. D877-D881.
Ward L.D., Kellis M. HaploReg: a resource for exploring chromatin states, conservation, and regulatory motif alterations within sets of genetically linked variants // Nucleic Acids Res. 2012. N 40. P. D930-D934.
Xu Z., Taylor J.A. SNPinfo: integrating GWAS and candidate gene information into functional SNP selection for genetic association studies // Nucleic Acids Res. 2009. N 37. P. W600-5.
Yermachenko A., Dvornyk V. UGT2B4 previously implicated in the risk of breast cancer is associated with menarche timing in Ukrainian females // Gene. 2014. Vol. 590(1). P. 85-89.

Все журналы

Отправить статью

Научные результаты биомедицинских исследований включен в научную базу РИНЦ (лицензионный договор № 765-12/2014 от 08.12.2014).

Журнал включен в перечень рецензируемых научных изданий, рекомендуемых ВАК

Журнал индексируется следующими научными базами и платформами

Научные результаты биомедицинских исследований (ISSN 2658-6533)

The journal materials and website are licensed under Creative Commons «Attribution» 4.0 International.

Учредитель: федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Белгородский государственный национальный исследовательский университет» (НИУ «БелГУ»). Адрес: 308015, Белгородская область, г. Белгород, ул. Победы, 85.

Издатель: федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Белгородский государственный национальный исследовательский университет» (НИУ «БелГУ»). Адрес: 308015, Белгородская область, г. Белгород, ул. Победы, 85.

Редакция: главный редактор Михаил Иванович Чурносов, e-mail: RR_MedPharm@bsuedu.ru, тел.: +7 (4722) 30-14-03.

Положение о журнале

Регистрационный номер: ЭЛ № ФС 77 - 74739 от 29.12.2018

Остались вопросы?
Можете написать нам:

✉ Ответственный cекретарь

✉ Администратор сайта

✉ Контент менеджер