Поиск сайтов связывания микро РНК в цис-регуляторных последовательностях и в SNP в генах липидного, углеводного обмена, окислительного и противовоспалительного гомеостаза
Актуальность: Полиморфизмы и нарушение профиля экспрессии генов miRNA связывают с системными заболеваниями (аутоиммунные и сердечно-сосудистые заболевания). Цель исследования:Изучение локализации сайтов связывания miRNA с mRNA в цис-регуляторных районах генов и в кодирующих последовательностях ДНК (CDS) ассоциированных в наших исследованиях с ранним и поздним атеросклерозом, а также поиск возможных локализаций сайтов связывания с микроРНК с участками генов (PPARGC1A; LIPC; PON1; APOE; LPL;APOC3; EDN; TNFα;SERPINE1). Материалы и методы:Поиск мотивов гомологичных микро РНК осуществлялся в цис-регуляторных районах изучаемых генов с помощью биоинформационного пакета MEME Suite. Известные miRNA мы взяли из электронной базы данных под названием «miRBase» (адрес сайта http://mirbase.org/). Из базы данных NCBI нами были получены нуклеотидные последовательности цис-регуляторных районов и интронов генов (адрес сайта http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) при помощи сочетания скриптов, IFITCH, созданных для автоматизированного получения информации от последовательностей NCBI. Ранее упомянутая нами электронная база данных «miRBase» анализировали автоматически при помощи поиска сайтов связывания в исходной последовательности, при этом мы использовали программу «MScanner». Было зарегистрировано 28645 микроРНК (http://www.mirbase.org). Результаты:Результаты биоинформационного поиска локализации мотивов гомологичных известным микроРНК перед и после гена, а также в кодирующих белок-последовательностях и интронов следующих генов: PON1, APOC3, LIPC, LPL, APOE, PPARGC1A, TNF, EDN, SERPIN показал, что в генах и межгенных пространствах находится большое количество мотивов, гомологичных зрелым микро-РНК. Наибольшее абсолютное количество мотивов локализовано внутри гена PPARGC1A – 22 микроРНК. Однако, если рассматривать относительную частоту локализации микроРНК расчитанную на 100000 п.н., то наибольшее число микроРНК локализовано в гене PON1 и составляет 7.6х10-5. В то время как для гена PPARGС1эта частота составляет 3.2х10-5. Заключение: Таким образом, обнаруженные нами микроРНК локализованные в большом количестве внутри и около изучаемых генов, могут указывать на их функциональную роль в патогенезе атеросклероза.
Нескубина ОМ, Амелина СС, Шкурат ТП, и др. Поиск сайтов связывания микро РНК в цис-регуляторных последовательностях и в SNP в генах липидного, углеводного обмена, окислительного и противовоспалительного гомеостаза. Научные результаты биомедицинских исследований. 2019;5(3):24-33. [Neskubina OM, Amelina SS, Shkurat TP, et al. Search for binding sites for micro RNA in cis-regulatory sequences and in SNP in the lipid, carbohydrate metabolism, oxidative and anti-inflammatory homeostasis genes. Research Results in Biomedicine. 2019;5(3):24-33. (In Russian)]. DOI: 10.18413/2658-6533-2019-5-3-0-4
Пока никто не оставил комментариев к этой публикации.
Вы можете быть первым.