Частота, спектр и функциональное значение мутаций в гене MIR-142 при диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфоме
Актуальность:MIR-142 является единственным геном микроРНК человека, в котором при диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфоме (ДВККЛ) с высокой частотой выявляются мутации. Ранние исследования нарушений в данном гене были основаны на анализе нескольких десятков биообразцов лимфомы и не уделяли внимания оценке функционального эффекта выявленных изменений. Цель исследования:Описать частоту и спектр мутаций в гене MIR-142 на крупной выборке образцов опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ, а также провести анализ in silico их функционального значения. Материалы и методы:Проведено прямое секвенирование по Сенгеру гена MIR-142 в 123 образцах ДНК, выделенной из срезов FFPE-блоков биоптатов опухолевых лимфоузлов пациентов с ДВККЛ. Предсказание in silico генов-мишеней для каждой из «ключевых» последовательностей микроРНК выполнено с помощью онлайн-инструмента miRDB. Для определения функции генов-мишеней микроРНК проведен анализ обогащения терминов генных онтологий молекулярных функций и биологических процессов с помощью PANTHER на базе биоинформационного ресурса Gene Ontology. Для предсказания вторичной структуры «шпильки» микроРНК и расчета ее минимальной свободной энергии (dG) использовался UNAfold web server. Результаты:Частота мутаций в группе исследования составила 16,7%, в трех случаях имели место множественные однонуклеотидные замены в последовательности MIR-142. Всего выявлено 24 типа однонуклеотидных замен, транзиции преобладали над трансверсиями. Анализ распределения мутаций по последовательности гена MIR-142 показал, что лишь 15% было локализовано в «ключевых» областях, большая же часть – за ее пределами: в последовательности зрелых цепей (30%), предшественника (40%) или первичного транскрипта (10%) микроРНК. Анализ in silico влияния замен, расположенных в «ключевой» последовательности, на взаимодействия микроРНК-мРНК показал, что все три выявленные в группе исследования мутации приводят к существенному изменению набора регулируемых генов. Наиболее выраженные изменения спектра регулируемых генов установлены для n.68G/A. Практически все описанные нами мутации в той или иной степени влияли на структуру и термостабильность микроРНК «шпильки». Заключение:Полученные данные свидетельствуют о существенном влияние мутаций в «ключевой» последовательности на переключение генов-мишеней зрелых цепей изучаемой микроРНК. Необходимы дальнейшие функциональные исследования для подтверждения влияния предсказанных изменений термодинамической стабильности и вторичной структуры на биогенез зрелых цепей микроРНК
Воропаева ЕН, Серегина ОБ, Войтко МС, и др. Частота, спектр и функциональное значение мутаций в гене MIR-142 при диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфоме. Научные результаты биомедицинских исследований. 2025;11(4):607-627. [Voropaeva EN, Seregina OB, Voytko MS, et al. Frequency, spectrum, and functional significance of mutations in the MIR-142 gene in diffuse large B-cell cell lymphoma. Research Results in Biomedicine. 2025;11(4):607-627. Russian]. DOI: 10.18413/2658-6533-2025-11-4-0-2
Пока никто не оставил комментариев к этой публикации.
Вы можете быть первым.