16+
DOI: 10.18413/2658-6533-2020-6-2-0-2

Изучение ассоциаций гаплотипов полиморфизма генаFLGс развитием хронической истинной экземы у мужчин
 

Aннотация

Актуальность: Экзема является распространенным хроническим заболеванием, характеризующимся воспалением кожи. Цель исследования: Провести анализ вовлеченности гаплотипов полиморфных локусов гена филаггрина (FLG) в развитие хронической истинной экземы у мужчин. Материалы и методы: Выборка для исследования включала 203 мужчины, в том числе 113 больных с хронической истинной экземой и 90 мужчин без данной патологии. Проведено генотипирование 10 полиморфных локусов гена FLG. С помощью программы Haploview v.4.2 выполнен анализ неравновесия по сцеплению между SNPs и построены гаплоблоки. В соответствии с алгоритмами «Solid Spine» и «Four gamete frequencies» с заданным порогом D’>0,8 определялась блочная структура. Расчет частот гаплотипов и анализ их ассоциаций с формированием заболевания осуществляли с помощью программного обеспечения PLINK v. 2.050 по ЕМ-алгоритму. Результаты: Установлено 6 гаплоблоков как в целом в объединённой выборке мужчин, больных хронической истинной экземой и контроля, так и отдельно в группах больных и мужчин контроля. Значимых ассоциаций гаплотипов в рамках шести рассматриваемых гаплоблоков с возникновением хронической истинной экземоы у мужчин не выявлено. Анализ вовлеченности гаплотипов полиморфных локусов гена FLG, находящихся в неравновесии по сцеплению, показал значимую ассоциацию гаплотипа GG rs61816761-rs3126085 с хронической истинной экземой у мужчин (ОR=0,47, р=0,035, ррerm=0,045). Заключение: Гаплотип GG полиморфных локусов rs61816761-rs3126085 гена FLG вовлечен в развитие хронической истинной экземы у мужчин.


Введение. Экзема – острое или хроническое рецидивирующее аллергическое заболевание кожи, формирующееся под влиянием экзогенных и эндогенных триггерных факторов и характеризующееся появлением полиморфной сыпи, острой воспалительной реакцией, обусловленной серозным воспалением кожи, и сильным зудом [1]. Среди населения мира распространенность данной патологии составляет 10-20% [2, 3]. При этом встречаемость экземы в странах Западной Европы выше, чем в странах Восточной Европы, Африки, Центральной Азии и Китае [4]. Заболевание оказывает серьезное негативное влияние на качество жизни больных [5]. Экзема распространена у 10-20% детей, нередко манифестирует в раннем детстве, причем до 45% всех случаев заболевания проявляется в первые 6 месяцев жизни [6]. Согласно данным литературы, общие экономические затраты на лечение экземы в США составляют более 4,2 млрд. долларов в год [7].

Экзема является мультифакториальной патологией со значимой ролью в ее формировании генетических факторов [1, 4, 8]. Согласно литературным данным, риск развития заболевания при наличии экземы у одного из родителей составляет 40% и увеличивается до 50-60% а при наличии данной патологии у обоих родителей [1].

Важный вклад в развитие подверженности к формированию экземы вносят мутации в гене филаггрина [9, 10]. При этом, следует отметить, что подавляющее число работ, направленных на поиск молекулярно-генетических маркеров, ассоциированных с развитием экземы, выполнено за рубежом, а в России такие исследования единичные [11, 12].

Цель исследования. Анализ вовлеченности гаплотипов полиморфных локусов гена FLG в развитие хронической истинной экземы у мужчин.

Материалы и методы исследования. Выборку для исследования составили 203 мужчины, из них 113 больных с хронической истинной экземой и 90 индивидуумов контрольной группы. В анализ включались мужчины родившиеся и проживающие в Центральном Черноземье России, имеющие русскую национальность и не являющиеся родственниками. Исключались из исследования больные с другими формами экземы, пациенты, имеющие сочетанную кожную патологию и тяжелую соматическую патологию (аутоиммунные, онкологические заболевания), а также мужчины, отказавшиеся от проводимого исследования. В контрольную группу вошли индивидуумы без заболеваний кожи и соматической патологии. У пациентов с хронической истинной экземой средний возраст составил 47,32±17,24 лет, в контрольной группе – 45,49±19,42 лет (р>0,05).

У всех обследуемых индивидуумов был проведен забор периферической крови, из которой фенольно-хлороформным методом выделена ДНК [13, 14]. Проведено молекулярно-генетическое исследование 10 полиморфных локусов гена FLG rs12130219, rs558269137, rs61816761, rs3126085, rs12144049, rs6661961, rs471144, rs10888499, rs77199844, rs4363385. Полиморфные локусы отбирались для исследования в соответствии с критериями, изложенными в работе [15]. Исследование рассматриваемых генетических маркеров проводилось на амплификаторе CFX96 методом полимеразной цепной реакции с использованием соответствующих праймеров и зондов, синтезированных ООО «ТестГен» (Ульяновск).

С помощью программы Haploview v.4.2 (https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview) проведен анализ неравновесия по сцеплению между парами SNPs и построены гаплоблоки. С использованием коэффициента D’, предложенного Левонтином и коэффициента корреляции r2 Пирсона оценивали неравновесие по сцеплению между рядом расположенными SNPs. В соответствии с алгоритмами «Solid Spine» и «Four gamete frequencies» с заданным порогом D’>0,8 определялась блочная структура. Расчет частот гаплотипов и анализ их ассоциаций с развитием хронической истинной экземы осуществляли с помощью программного обеспечения PLINK v. 2.050 по ЕМ-алгоритму. В исследование включали ковариату возраст. За статистически значимый уровень принимали ррerm<0,05.

Результаты и их обсуждение. Результаты распределения изучаемых полиморфных локусов гена FLG (rs12130219, rs558269137, rs61816761, rs3126085, rs12144049, rs6661961, rs471144, rs10888499, rs77199844, rs4363385) среди мужчин, больных хронической истинной экземой и в группе контроля представлены в таблице 1. В объединённой выборке мужчин, больных хронической истинной экземой и контроля (рисунок 1), среди мужчин, больных хронической истинной экземой (рисунок 2) и мужчин контрольной группы (рисунок 3) выявлено неравновесие по сцеплению между анализируемыми SNРs. С помощью алгоритмов «Solid Spine» и «Four gamete frequencies» со значением коэффициента сцепления D´>0,8 определены гаплоблоки по исследуемым полиморфным локусам. Как в целом в объединённой выборке мужчин, больных хронической истинной экземой и контроля, так и отдельно в группах больных и мужчин контроля установлено 6 гаплоблоков: Н1 включает полиморфные локусы rs3126085, rs12144049, H3 – rs12130219, rs558269137, rs61816761, H5 – rs558269137, rs61816761, rs3126085, rs12144049, H9 – rs471144, rs10888499, H10 – rs12144049, rs6661961, H11 – rs77199844, rs4363385. Следует отметить, что выявляемый у мужчин гаплоблок, включающий rs558269137, rs3126085, rs12144049 является составной частью гаплоблока H5 (rs558269137, rs61816761, rs3126085, rs12144049), так как при построении гаплоблоков с помощью программы Haploview полиморфный локус rs61816761 не вошел в его состав в связи с тем, что у мужчин группы контроля отсутствует редкий аллель А (есть только референсный аллель G). Значимых ассоциаций гаплотипов в рамках шести рассматриваемых гаплоблоков с возникновением хронической истинной экземы у мужчин (таблица 2) выявлено не было.

Анализ вовлеченности гаплотипов полиморфных локусов гена FLG, находящихся в неравновесии по сцеплению, показал значимую ассоциацию с развитием заболевания гаплотипа GG rs61816761-rs3126085 (OR=0,47, р=0,035, ррerm=0,045). Следует подчеркнуть, что данный гаплотип является протективным фактором при развитии хронической истинной экземы у мужчин (ОR=0,47).

Итак, в настоящей работе выявлена ассоциация гаплотипа GG полиморфизма rs61816761-rs3126085 гена FLG с развитием хронической истинной экземы у мужчин Центрального Черноземья России. Согласно данным литературы, ген, кодирующий филаггрин локализован на коротком плече хромосомы 1 (1q21) в области комплекса эпидермальной дифференцировки, который участвует в формировании рогового слоя кожи, выполняющего барьерную функцию. Ген FLG состоит из 3 экзонов и 2 интронов. Экзон 1 (15 bp) является некодирующим, экзон 2 (159 bp) кодирует 46 аминокислот, которые включают начальный сайт трансляции и домен кальций связывающего белка. Экзон 3, один из крупнейших в геноме человека (≈12,7 kb), кодирует 10 почти идентичных 972-bp-длинных тандемных филаггриновых повторов [16].

Филаггрин играет ключевую роль в формировании барьера кожи, он участвует в поддержании уровня гидратации в эпидермисе, регуляции рH кожи, антибактериальной защите и устойчивости кожи к ультрафиолетовому излучению [7, 17, 18]. Согласно литературным данным, недостаток филаггрина лежит как в основе патогенеза различных кожных болезней (экзема, аллергический контактный дерматит, вульгарный ихтиоз), а также связан с формированием не кожных заболеваний (сахарный диабет, воспалительные заболевания желудочно-кишечного тракта) [19, 20].

Полиморфизм rs61816761 гена FLG (согласно полученных нами данных этот локус в составе гаплотипа с rs3126085 связан с развитием хронической истинной экземы у мужчин) относится к группе мутаций в гене FLG, связанных с потерей функции филаггрина (loss-of-function variants) [20]. Установлено, что мутации, приводящие к потере функции или нулевые мутации гена филаггрина, обусловливают образование неактивной формы синтезированного полипептида (вследствие преждевременного прекращения синтеза, сигналом для которого являются появившиеся в результате мутаций стоп-кодоны). Это в конечном итоге приводит к низкой концентрации профилаггрина в зернистом слое эпидермиса, что в последующем определяет формирование аномально тонкого слоя кератиноцитов, и является морфологическим субстратом, лежащим в основе предрасположенности к хроническим заболеваниям кожи (дерматит, экзема, псориаз и др.) [20].

Наши данные согласуются с результатами ранее проведенных исследований, в которых показана связь полиморфизма rs61816761 гена FLG с развитием экземы [21], астмы [22], аллергических заболеваний (экзема, астма, сенная лихорадка) [23].

Заключение. Таким образом, в результате проведённого исследования установлено, что гаплотип GG полиморфных локусов rs61816761-rs3126085 гена FLG вовлечен в развитие хронической истинной экземы у мужчин Центрального Черноземья России.

Список литературы

  1. Федеральные клинические рекомендации. Дерматовенерология 2015: Болезни кожи. Инфекции, передаваемые половым путем. 5-е изд., перераб. и доп. М.: Деловой экспресс; 2016.
  2. Zhu J, Wang Z, Chen F. Association of Key Genes and Pathways with Atopic Dermatitis by Bioinformatics Analysis. Medical Science Monitor. 2019;25:4353-4361. DOI: 10.12659/MSM.916525
  3. Minzaghi D, Pavel P, Dubrac S. Xenobiotic Receptors and Their Mates in Atopic Dermatitis. International Journal of Molecular Sciences. 2019;20(17):4234. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms20174234
  4. Kim JE, Kim JS, Cho DH, et al. Molecular Mechanisms of Cutaneous Inflammatory Disorder: Atopic Dermatitis. International Journal of Molecular Sciences. 2016;17(8):1234. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms17081234
  5. Wallmeyer L, Dietert K, Sochorová M, et al. TSLP is a direct trigger for T cell migration in filaggrin-deficient skin equivalents. Scientific Reports. 2017;7(1):774. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-00670-2
  6. Tanjung C, Rzehak P, Mansyur M, et al. Study protocol to investigate the environmental and genetic aetiology of atopic dermatitis: the Indonesian Prospective Study of Atopic Dermatitis in Infants (ISADI). BMJ Open. 2017;7(3):e012475. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/bmjopen-2016-012475
  7. Margolis DJ, Mitra N, Gochnauer H, et al. Uncommon Filaggrin Variants Are Associated with Persistent Atopic Dermatitis in African Americans [published correction appears in J Invest Dermatol. 2018 Sep;138(9):2084-2085]. Journal of Investigative Dermatology. 2018;138(7):1501-1506. DOI: 10.1016/j.jid.2018.01.029
  8. Rerknimitr P, Otsuka A, Nakashima C, et al. The etiopathogenesis of atopic dermatitis: barrier disruption, immunological derangement, and pruritus. Inflamm Regen. 2017;37:14-15. DOI: 10.1186/s41232-017-0044-7
  9. Bin L, Leung DYM. Genetic and epigenetic studies of atopic dermatitis. Allergy, Asthma and Clinical Immunology. 2016;12:52. DOI: https://doi.org/10.1186/s13223-016-0158-5
  10. Marenholz I, Esparza-Gordillo J, Rüschendorf F, et al. Meta-analysis identifies seven susceptibility loci involved in the atopic march. Nature Communications. 2015;6:8804. DOI: 10.1038/ncomms9804
  11. Гималова ГФ, Карунас АС, Федорова ЮЮ, и др. Репликация данных полногеномных анализов ассоциации атопического дерматита в Республике Башкортостан. Медицинская генетика. 2016;15(4):25-28. DOI: https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-4-25-28
  12. Gimalova GF, Karunas AS, Fedorova YY, et al. The study of filaggrin gene mutations and copy number variation in atopic dermatitis patients from volga-ural region of Russia. Gene. 2016;591(1):85-89. DOI: https://doi.org/10.1016/j.gene.2016.06.054
  13. Пономаренко ИВ, Решетников ЕА, Полоников АВ, и др. Полиморфный локус rs314276 гена LIN28B ассоциирован с возрастом менархе у женщин Центрального Черноземья России. Акушерство и гинекология. 2019;2:98-104. DOI: https://dx.doi.org/10.18565/aig.2019.2.98-104
  14. Пономаренко ИВ, Полоников АВ, Чурносов МИ. Полиморфные локусы гена LHCGR, ассоциированные с развитием миомы матки. Акушерство и гинекология. 2018;10:86-91. DOI: https://dx.doi.org/10.18565/aig.2018.10.86-91
  15. Ponomarenko I, Reshetnikov E, Altuchova O, et al. Association of genetic polymorphisms with age at menarche in Russian women. Gene. 2019;686:228-236. DOI: https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.11.042
  16. Eaaswarkhanth M, Xu D, Flanagan C, et al. Atopic Dermatitis Susceptibility Variants in Filaggrin Hitchhike Hornerin Selective Sweep. Genome Biology and Evolution. 2016;8(10):3240-3255. DOI: https://doi.org/10.1093/gbe/evw242
  17. Jarrett R, Salio M, Lloyd-Lavery A, et al. Filaggrin inhibits generation of CD1a neolipid antigens by house dust mite-derived phospholipase. Science Translational Medicine. 2016;8(325):325ra18. DOI: 10.1126/scitranslmed.aad6833
  18. Clausen ML, Agner T, Lilje B, et al. Association of Disease Severity With Skin Microbiome and Filaggrin Gene Mutations in Adult Atopic Dermatitis. JAMA Dermatology. 2018;154(3):293-300. DOI: 10.1001/jamadermatol.2017.5440
  19. Ziyab AH, Ewart S, Lockett GA, et al. Expression of the filaggrin gene in umbilical cord blood predicts eczema risk in infancy: A birth cohort study. Clinical and Experimental Allergy. 2017;47(9):1185-1192. DOI: https://doi.org/10.1111/cea.12956
  20. Čepelak I, Dodig S, Pavić I. Filaggrin and atopic march. . 2019;29(2):020501. DOI: 10.11613/BM.2019.020501
  21. Kichaev G, Bhatia G, Loh PR, et al. Leveraging Polygenic Functional Enrichment to Improve GWAS Power. American Journal of Human Genetics. 2019;104(1):65-75. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2018.11.008
  22. Zhu Z, Zhu X, Liu CL, et al. Shared genetics of asthma and mental health disorders: a large-scale genome-wide cross-trait analysis.  European Respiratory Journal. 2019;54(6):1901507. DOI: 10.1183/13993003.01507-2019
  23. Ferreira MA, Vonk JM, Baurecht H, et al. Shared genetic origin of asthma, hay fever and eczema elucidates allergic disease biology. Nature Genetics. 2017;49(12):1752-1757. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/ng.3985